박물관은 오이도에서 출토된 각종 토기, 석기, 골각기 등의 유물과 이를 이용한 용기, 어로, 발화, 사냥, 요리 등 각종 생활도구 등을 진열하고, 그에 따른 사용법과 변천사를 설명 · 도해 · 청취할 수 있는 각종 시청각자료와 실내에서도 패총의 단면, 주거의 형태와 구조 등을 살필 수 있는 모형과 스크린을 갖추어 그 이해를 돋굴 수 있는 보조물을 배치함으로써, 역사교육장이 될 수 있게 만들어야 한다.

유물은 명지대학교 박물관의 지표조사, 서울대학교 박물관의 발굴조사 등을 통해서 수습 보관되어 온 오이도 출토품과, 오이도 이외 최근 기전문화재 연구원에서 실시한 시흥지역 지표조사와 거모동, 계수동 일원의 시굴조사에서 수습한 수백 점의 구석기와 신석기 및 청동기시대 유물, 국립중앙박물관에 소장된 금이동 일대에서 출토된 청동기시대의 관옥, 한양대학교 박물관 계수, 조남동 지석묘 인근 수습유물, 기타 개인소장품 등 시흥지역 일원에서 지금까지 출토된어 보관 중인 선사시대의 유물을 포함하여 진열하고, 부족한 품목이나 시대별 지역별로 비교학습할 필요가 있을 때는 복제품을 제작하여 전시할 수도 있다.

그리고 오이도 출토 유물은 선사시대 뿐만 아니라 백제, 통일신라시대 등의 역사시대 유물도 적지 않게 출토되고 있으므로, 함께 전시하는 것이 오이도의 패총과 서해안 지역의 역사를 이해하는 데 도움이 될 것이다.
오이도가 선사시대부터 역사시대까지 광범위한 인간의 삶이 이어지면서 섬 내에서도 출토품이 지역적으로 시대를 달리하고 있는 점을 감안할 때, 그 특성을 고려하여 출토지역에 따라 선사박물관과 역사박물관으로 분리하여 건립하는 방안을 검토해 볼 수 있으나, 유물 보존의 효율적인 관리면이나 재정적인 여건을 고려한다면, 하나의 박물관을 건립하여 유물과 보조자료를 시대별 또는 출토지역별로 배열하고 특별한 경우에 한하여 필요에 따라 야외전시장 인근에 소규모 실내전시장을 설치하는 것도 무방할 것이다.

위치는 바다와 갯벌이 내려다 보이는 전망 좋고, 유적이 회소하며, 주차공간의 확보가 용이한 곳이 바람직하다.(선사유적지 시설배치 시안)
규모는 각종 유물을 보존한 만큼 쾌적하고 안정감 있으며 오이도 본섬이 다른 지역보다 높은 곳에 위치해 있으므로 그 주변의 경관과 잘 어우러질 수 있도록 단층으로 하되 500여평 이상의 전시실과 수장실 및 약간 평의 기타 행정부속실, 화장실 등을 갖춘다.

야외에 전시될 수 있는 것은 오이도의 선사유적을 대표하는 패총의 경우, 일부는 경화처리하여 전시하는 효과를 갖되, 나머지는 파괴되지 않도록 정비한 후 제한구역을 설치하는 등의 특별한 조치를 취한다. 주거지는 신석기시대부터 통일신라시대에 이르는 군락의 모형을 요소에 조성하고, 채집과 사냥 및 어로생활의 모형도와 밀랍상을 마련하다.
그리고 관람자가 체험할 수 있는 토기, 석기, 골각기 간이제작소를 설치하고 갯벌지대와 연결하여 조개잡이 등을 경험할 수 있는 갯벌체험학습장으로서도 기능할 수 있게 한다. 출토 유물이나 각 지역의 특성으로 보아 다음과 같이 공간을 활용할 수 있다.

A지역
이 곳은 뒷살막, 배다리지역으로 불리운 곳인데 패총의 규모가 크고 잘 보존된 지역으로 2000년에 시굴을 실시한 적이 있지만, 앞으로의 관련 학자들을 위해 노출시키지 않고 현상보존하는 것이 가장 바람직하다. 그러나 그 동안 패총의 자연유실과 시굴 등을 통해서 단면이 노출된 지역은 경화처리하여 보여주기를 하고 시대별로 지층과 패총을 관찰할 수 있도록 패총전시장을 마련한다.

B지역
이 지역은 신석기, 청동기, 백제, 통일신라시대에 이르기까지 다양한 시기에 걸쳐 유물이 출토된 곳으로 특히, 통일신라시대의 5기의 온돌은 경화처리하여 보존하고 온돌변천사를 한눈에 알아 볼 수 있도록 온돌 및 그 구조의 표본전시장을 건립한다. 이와 함께 야외에는 선사시대와 삼국, 통일신라시대 및 기타 역사시대의 주거지와 민속마을 등을 재현하여 취락구조의 변천사를 읽게 한다.

C지역
오이도의 중앙부에 위치한 지역으로 관광객들이 직접 체험할 수 있는 역사교육체험장을 조성할 수 있다. 어로생활, 채집생활, 사냥터 등의 생활상을 재현한 야외전시장과, 토기, 석기, 골각기 등을 통하여 각종 어로, 채집, 사냥의 도구를 만드는 제작소를 설치하여 다양한 도구의 제작과 사용법을 체험할 수 있는 공간을 마련한다.

D지역
현재 군부대가 주둔하고 있는 지역이지만, 아직도 패총이 잘 보존되어 있는 곳으로 알려져 있다., 군부대의 이전을 대비하고 이곳을 유적으로 보존하기 위해 유적지의 일부로서 미리 설계를 하여 다음을 대비한다.
이곳은 조선시대부터 봉수대가 있었고 현재까지 군부대가 주둔하고 있는 지역으로서 서해안의 군사적 요충지였던 것을 감안, 군부대 철수 이후 패총지역을 중심으로 대대적인 발굴을 행한 다음, 봉수대를 복원하고 신석기시대부터 현재에 이르는 전쟁사를 둘러볼 수 있도록 전쟁전시관(봉수봉화역사관)과 야외 전시장을 건립하여 역사의 산 교육장으로 활용하는 것이 바람직할 것이다.